شاخه bin: در این شاخه، دستورات سیستم‌عامل که برای تمام کاربران قابل دستیابی هستند و برخی دستورات مدیریتی سیستم قرار می‌گیرند.

-شاخه boot: این شاخه که می‌تواند در یک پارتیشن جداگانه بوده و به پوشه boot متصل شده باشد، حاوی برنامه راه‌نداز بوت سیستم عامل می‌باشد. مانند Grub و Lilo.

-شاخه dev: محل قرارگیری نقطه دسترسی‌های ابزارهای سخت افزاری است. مثلا تمام پورت‌ها، پارتیشن‌ها و... در اینجا دارای یک فایل هستند. برای مثال فایل dev/fd0 نشاندهنده فلاپی درایو سیستم است و به همین ترتیب. بسیاری از برنامه‌های کاربردی از این فایلهای دسترسی برای خواندن و نوشتن داده‌ها بر روی ابزار مورد نظرشان استفاده می‌کنند. مثلا یک برنامه کاربردی فایل dev/fd0 را باز کرده و در آن می‌نویسد. در حقیقت اطلاعات روی درایو فلاپی و دیسکی که در آن قرار دارد، نوشته خواهد شد.

-شاخه etc: در این شاخه فایل‌های پیکربندی برنامه‌های سرویس دهنده و برخی فایلهای سیستمی دیگر قرار می‌گیرند. مثلا فایل پیکربندی سرویس دهنده وب آپاچی در سیستم‌های دبیان در etc/apache/http.conf قرار دارد و به همین ترتیب.

-شاخه home: در این شاخه دایرکتوری‌های خانگی کاربران سیستم و اطلاعات آنها قرار می‌گیرد. بهتر است این شاخه در یک پارتیشن جداگانه قرار گرفته و متصل شود. این کار حفاظت از داده‌های کاربران را بالاتر خواهد برد. ضمنا در صورت نیاز به فرمت و نصب مجدد سیستم، اطلاعات کاربران دست نخورده باقی مانده و پس از نصب مجدد، کلیه تنظیمات شخصی و اطلاعات آنها بدون تغییر باقی خواهند ماند.

-شاخه lib: این شاخه همانطور که از نام آن پیداست، محل قرار گیری فایل‌های کتابخانه برنامه‌ها است. این کتابخانه‌ها توسط برنامه‌های کاربردی و ابزارهای برنامه نویسی بکار گرفته می‌شوند.

-شاخه mnt: این شاخه معمولا دارای زیرشاخه‌هایی مانند floppy و cdrom بوده و محل اتصال سنتی درایوهای فلاپی و CD-ROM می‌باشد. همچنین پارتیشن‌ها دیگر دیسک سخت را نیز می‌توانید در این شاخه متصل نمایید. البته اجباری به این کار وجود ندارد. مثلا در سیستم‌های مبتنی بر دبیان، درایوهای فلاپی و CDROM در شاخه‌های floppy و cdrom که در زیر ریشه قرار دارند، متصل می‌شوند. اتصال و برداشتن اتصال پارتیشن‌ها و درایوها با استفاده از دستور mount صورت می‌گیرد. اشتراکات شبکه را نیز می‌توانید در این شاخه متصل نمایید.

-شاخه proc: این شاخه یک سیستم فایل مجازی است که برخی اطلاعات مربوط به سیستم و هسته از آن قابل دستیابی می‌باشد. مثلا فایل version در این شاخه حاوی اطلاعات هسته سیستم عامل مانند نسخه آن و ... می‌باشد.

-شاخه sbin: دستورات و برنامه‌های مدیریتی سیستم در این شاخه قرار می‌گیرند که مخصوص کاربر root است.

-شاخه tmp: محل قرارگیری برخی فایلهای موقتی برنامه‌های کاربردی است.

-شاخه usr: بسیاری از برنامه‌های کاربردی در این شاخه نصب می‌شوند. مثلا Xwindow در این شاخه قرار دارد. همچنین برخی دستورات و دستورات مدیریتی نیز در مسیرهای usr/bin و usr/sbin قرار می‌گیرند.

-شاخه var: این شاخه که معمولا در کامپیوترهای سرویس دهنده در یک پارتیشن جداگانه قرار می‌گیرد، مخصوص برنامه‌های سرویس دهنده‌ای مانند وب و FTP و بانکهای اطلاعاتی است. مثلا فایل‌های مربوط به یک وب سایت می‌توانند در var/www قرار گیرند. به دلیل اینکه در برخی از حملات DOS دیسک سخت سیستم با فایل‌های آشغال پر می‌شود، این شاخه را در یک پارتیشن جداگانه قرار می‌دهند که در صورت قرارگیری تحت حمله و پرشدن احتمالی دیسک سخت، کل سیستم عامل دچار وقفه نگردد و آسیب به همان قسمت محدود شود.

تمامی شاخه‌هایی که در بالا توضیح داده شد، می‌توانند در پارتیشن‌های جداگانه قرار داده شوند. ولی ضرورتی ندارد.

پارتیشن swap
هنگام نصب لینوکس، پارتیشنی به نام swap می‌سازید. کاربرد این پارتیشن چیست؟ این پارتیشن که تحت ساختار سیستم فایل جایی متصل نمی‌شود، محل قرارگیری swapping file لینوکس که همان حافظه مجازی روی دیسک سخت است، می‌باشد. بهتر است حجم آنرا برابر یا ۲ برابر حافظه سیستم خود تعیین نمایید.

1- پروتکل    NET BEUI :
 
این پروتکل برای محصولات مایکروسافت فقط استفاده می شود و موارد زیر کاربرد دارد :
 
•    اگر در شبکه تعداد کامپیوترها حداکثر 20 تا 200 عدد بود.
•    در شبکه های Domain با وجود استفاده از TCP/IP ، پروتکل NET BEUI پیشنهاد نمی شود.
•    این پروتکل قابلیت Route کردن یا مسیریابی را ندارد و همچنین هیچ گونه تنظیماتی ندارد.

2-   DLC :
 
این پروتکل مخصوص محصولات IBM می باشد و در واقع مواقعی که پرینترها بخواهند با یکدیگر ارتباط شبکه ای برقرار کنند استفاده می شود. بعضی از پرینترها به صورت مستقل دارای کارت شبکه هستند و برای استفاده ار چنین پرینترهایی باید پروتکل فوق بر روی آنها نصب شود.
 
3- پروتکل   Apple Talk :
 
برای ارتباط با کامپیوترهای Apple Macintosh از این پروتکل باید استفاده کنیم.
 
4- پروتکل  Network Monitor Driver :
 
این پروتکل در مواقعی که بخواهیم Packet ها را از روی کابل گرفته و یا به اصطلاح Capture کنیم و بر روی کامپیوتر خود منتقل کنیم باید چنین پروتکلی بر روی کامپیوتر ما نصب باشد. ( برای سرقت کردن اطلاعات) 
 
5-  پروتکل      NW Link IPX/ SPX / Net Bios Compatible Tranport Protocol :
 
پروتکل IPX/SPX محصول شرکت ناول می باشد. مایکروسافت برای اینکه محصولات خود را سازگار با محصولات ناول بکند پروتکلی تحت عنوان NWLink عرضه کرده است. این پروتکل معادل پروتکل IPX/SPX در ناول می باشد و برای اینکه بتوانیم با کامپیوترهای ناول ارتباط برقرار کنیم ، نصب پروتکل فوق الزامی است.
 
در آخرین پروتکل یکسری اصطلاحات داریم که بگوییم خالی از لطف نیست. 
 
Internal Network Number:
 
این عدد به صورت پیش فرض یک آدرس هگزادسی مال می باشد و به صورت 00000000 می باشد و فقط در موارد زیر مجبور به تغییر این عدد هستیم :
 
1- زمانیکه کامپیوتر ما به عنوان Server برای کامپیوترهای Netware فعالیت بکند.
 
2- زمانیکه بر روی کامپیوتر حداقل دو کارت شبکه نصب شده باشد و دو کارت شبکه فوق از پروتکل NWLink استفاده کنند و سرویس FPNW ( file and printer sharing and netware network ) بر روی کامپیوتر نصب شده باشند.
 
3- زمانیکه در شبکه برنامه هایی مثل SQL Server می باشد. که در این صورت نیز مجبور به عوض کردن Internal network Number می باشیم.
 
Frame Type :
 
به قالب بسته های اطلاعاتی فرستاده شده بین ماشینهای مایکروسافت و ناول گفته  می شود.
 
در این جا بد نیست مطلبی را بگوییم که شاید خیلی از دوستان حتی کسانی که با کامپیوتر و اینترنت کار می کنند نمی دانند و آن این است که در Platform های 2000 و 2003 می توانیم از طریق آدرس URL به یک Print Server در داخل اینترنت و یا اینترانت از طریق پروتکل HTTP پرینت بفرستیم. این قابلیت در Platform های 2000 و 2003 از طریق پروتکل IPP ( Internet Printing Protocol ) انجام می پذیرد.
 

 
Ping :
با این فرمان میتوان ارتباط بین یک کامپیوتر با کامپیوتر دیگر را بررسی نمود.پینگ یكی از مهم ترین دستورات عیب یابی شبكه است.با استفاده از پینگ م یتوانیداز روشن بودن یك كامپیوتر مطلع شوید.همچنین با استفاده از دستور پینگ و استفاده از سوئیچ a می توان نام یك دستگاه را با استفاده از ای پی اش بدست اورد.
 
IPconfig :
با استفاده از این فرمان تنظیمات مربوط به پروتکل TCP/IP را می توان مشاهده نمود و با استفاده از سوئیچ /All  می توان اطلاعان بیشتری از این پروتکل را بدست آورد.
 
Netstat :
با استفاده از این برنامه می توان کلیه ارتباطات پروتکل TCP/IP را مشاهده نمود و با استفاده از سوئیچ – na می توان کلیه پورت های باز کامپیوتر را مشاهده نمود.
 
Tracert :
با استفاده از این فرمان می توان تمام Node های موجود بین کامپیوتر مبداء و مقصد را مشاهده نمود.
مثلا وقتی یك دستگاه را پینگ می كنید و پاسخ نمی اید شما می توانید با استفاده از Tracert ببنید پیغامتان تا كجای می رود و مشكل از كجاست
 
Pathping :
با استفاده از این فرمان می توان درصد خطاهای ایجاد شده بین کامپیوتر مبداء و مقصد را مشاهده نمود. در واقع این فرمان ترکیبی از فرمانهای Tracert و Ping می باشد.
 
Route :
این فرمان امکان نمایش و تغییر در جدول Routing کامپیوتر را برای ما فراهم می نماید.